O século XX tem sido um século fecundo para a ciência, no qual desafios novos são colocados à competência explicativa das teorias, hipóteses, premissas e leis fundadoras do pensamento científico moderno. A relatividade de Einstein, a microfísica, a termodinâmica, a microbiologia têm ampliado o universo das indagações dos cientistas, que cada vez mais se veem confrontados com novas verdades e incertezas sobre algumas verdades há muito estabelecidas. Além disso, novos campos de aplicação e novos usuários dos conhecimentos gerados nos laboratórios do tão restrito universo da academia suscitam, felizmente, uma necessária reflexão ética no meio acadêmico e fora dele.

Ciência com Consciência enfrenta o duplo desafio: apontar problemas éticos e morais da ciência contemporânea, cujos múltiplos e prodigiosos poderes de manipulação, nascidos das tecnociências, têm imposto ao cientista, ao cidadão e à humanidade inteira o problema do controle político das descobertas científicas e a necessidade epistemológica de um novo paradigma que rompa os limites do determinismo e da simplificação, e incorpore o acaso, a probabilidade e a incerteza como parâmetros necessários à compreensão da realidade.

Retomando a discussão sobre a ciência moderna, Edgar Morin critica o paradigma clássico que se fundava na suposição de que a complexidade do mundo dos fenômenos podia e devia resolver-se a partir de princípios simples e leis gerais. Esses princípios, que se revelaram fecundos para o progresso tanto da física newtoniana quanto da relatividade einsteiniana e da natureza físico-química de todo organismo, não são mais suficientes para considerar a complexidade da partícula subatômica, da realidade cósmica e dos progressos da microbiologia. Assim, enquanto a ciência clássica dissolvia a complexidade aparente dos fenômenos para revelar a simplicidade oculta das leis imutáveis da natureza, hoje a complexidade começa a aparecer, não como inimigo a eliminar, mas como um desafio a ser superado. Para o autor, enfrentar a complexidade do real significa confrontar-se com os paradoxos da ordem/desordem, da parte/todo, do singular/geral, incorporar o acaso e o particular como componentes da análise científica e colocar-se diante do tempo e do fenômeno, integrando a natureza singular e evolutiva do mundo à sua natureza acidental e factual.