Negi e Asuna recebem uma força para o salvamento de Konoka com o aparecimento do Evangelho Negro em todo o seu poder. Mas o poderoso e enigmático garoto de cabelos brancos ainda poderá causar problemas.
Em seu esforço por resgatar a garota, Setsuna revela sua verdadeira forma temendo não ser aceita... E com o fim da missão, o professor Negi e suas alunas têm a possibilidade de conhecer a casa do Thousand Master. Há algo misterioso no ar...