Depois do confronto com o misterioso assassino de alquimistas federais, Ed precisa voltar à sua cidade natal para reparar o automail. A caminho de Resembool, ele encontra um ex-alquimista federal que havia desaparecido misteriosamente há algum tempo, junto com suas pesquisas que aplicavam alquimia à medicina. Procurando saber mais sobre o misterioso Doutor Marcoh, Ed chega um pouco mais perto da pedra filosofal.