Esta segunda aventura do capitão Diego Alatriste conduz o leitor aos subterrâneos da Inquisição espanhola do século XVII. Na perigosa Madri da época, o capitão aluga sua espada com o encargo de resgatar a noviça Elvira de la Cruz do convento onde é seviciada pelo frei Juan Coroado. Alatriste e o poeta Francisco de Quevedo ajudam o pai e os irmãos da jovem a resgatá-la, mas caem numa emboscada. O pajem de Alatriste e narrador da história, Íñigo Balboa, é preso ao tentar salvar os amigos e levado para as masmorras da Inquisição.
A "limpeza de sangue" a que alude o título do livro é uma referência às práticas do tribunal eclesiástico na Espanha de então: queimavam-se pessoas na fogueira por não terem "sangue puro". A trama percorre caminhos tortuosos e anima a história da época, pois Pérez-Reverte baseia seus relatos em séria pesquisa. A obra de escritores do Século de Ouro é incorporada à narrativa das aventuras e percalços do capitão - que vive suas aventuras seguro de ser um espadachim dos mais éticos, pronto para o que der e vier.