Antes do início do torneio Cidade das Batalhas, Joey é derrotado por um caçador de cards raros, em uma briga desonesta, e perde seu precioso Dragão Negro de Olhos Vermelhos. No dia seguinte, Yugi fica sabendo do ocorrido e desafia o ladrão para vingar seu amigo.
Yu-Gi-Oh agora tem de derrotar o maior combo dos jogos: Exodia. Esse é o primeiro duelo da competição criada por Seto Kaiba onde, em cada esquina, existe um adversário mais forte esperando.
Um novo possuidor das relíquias também aparece, o misterioso Malik, dizendo-se ansioso para enfrentar o Rei dos Jogos. Quem será ele e quais os seus verdadeiros planos?
Acompanhe as aventuras de Yu-Gi-Oh em busca de suas memórias perdidas e das Relíquias do Milênio!