Utena já está estudando há seis meses na Academia Ohtori, porém não teve mais nenhuma pista de seu príncipe encantado. A jovem destaca-se na escola e já tem muitas amigas e fãs, porém algumas cenas que presencia de outros alunos não a agradam. Em um desses encontros inesperados, a garota revolucionária vislumbra uma briga entre Anthy Himemiya e seu namorado Kyouichi Saionji e mal sabe ela que seus caminhos já estavam marcados para se cruzar. Antes que ela pudesse fazer algo para proteger a colega, Tohga Kiryu, o presidente do Conselho de Estudantes, aparece. Mais tarde, uma brincadeira sem graça dos estudantes faz com que a heroína procure pelo belo e presunçoso Saionji, para defender a honra de sua amiga, Wakaba Shinohara. Deste encontro um duelo será marcado e a protagonista conhecerá os verdadeiros segredos atrás dos portões da Floresta da Praça de Duelos.