A corajosa Utena Tenjou finalmente descobre a verdadeira identidade de seu príncipe - aquele que a salvou quando criança e que lhe deu forças para continuar vivendo. Porém, sua procura ganha um outro significado. Amadurecida, a garota revolucionária descobre a existência de um propósito movido pelo "Confim do Mundo" para que ela ingressasse na Academia Ohtori. Utena tem agora uma nova missão: recuperar o poder revolucionário, que caiu nas mãos ambiciosas de Akio, e salvar a vida de Himemiya.