A luta na floresta continua e deter o monstro das sombras parece impossível, mas graças a um plano elaborado por Alphonse, em conjunto com Hohenheim, Orgulho se vê imobilizado.
Enquanto isso, Coronel Mustang e seus subordinados estão enfraquecendo as forças do exército no Distrito Oeste. A situação começa a ficar interessante quando alguém especial coloca seus serviços à disposição dos rebeldes?

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Ainda crianças, Edward e Alphonse Elric perderam sua mãe. Os irmãos, então, decidem usar seus conhecidos para tentar quebrar o maior tabu da Alquimia: a transmutação humana. Mas a tentativa dá errado. Ed perde seu braço direito e sua perna esquerda. Já Al perde seu corpo por inteiro e só não desaparece de vez por que seu irmão conseguiu fixar sua alma em uma armadura de metal. É a lei máxima da Alquimia, a "Lei da Troca Equivalente".
Assim começa a saga dos irmãos Elric. Agora usando automails, próteses mecânicas implantadas no lugar dos membros perdidos, Ed parte ao lado de Al em busca da lendária Pedra Filosofal, a qual, reza a lenda, amplia os poderes de um Alquimista.
O objetivo da dupla de irmãos é exatamente usar a Pedra Filosofal para recuperar os seus corpos. Porém, eles não são os únicos intessados no lendário artefato. Os homúnculos, misteriosos seres que parecem seres humanos, também estão atrás da pedra.
Para facilitar a sua busca, Ed entra para o exército e passa a ser conhecido pela alcunha de o Alquimista de Aço. A partir daí os irmãos Elric fazem uma viagem surpreendente, cheia de reviravoltas. Eles ainda cruzam o caminho de Scar, um sujeito de poderes misteriosos que busca se vingar de todos os Alquimistas Federais que encontra pela frente.