Se nas duas primeiras temporadas o objetivo foi unir pessoas comuns com habilidades extraordinárias e colocá-las frente a frente com a reveladora história da Companhia, a terceira, intitulada Vilões, é a responsável por construir um cenário tenso, pincelado com diversos confrontos e fugas, onde os heróis terão de escolher um lado, se quiserem continuar vivos... Com uma narrativa repleta de nuances, marca registrada que fez a série chegar ao topo do sucesso, Heroes evidencia nesta temporada a divisão conflituosa e surpreendente entre heróis e vilões. A sobrevivência e a permanência da espécie mutante também estão em jogo. Mistérios e segredos são revelados, novos personagens ganham projeção enquanto outros ressurgem, alguns heróis assumem novas personalidades, enfim, todos esses ingredientes dão força e atitude a esta nova etapa de Heroes, composta de 25 episódios e dividida em dois bombásticos volumes: Vilões e Fugitivos.